В университете сформировались научные направления (научные школы), которые ведут научно-исследовательскую, научно-методическую, научно-инновационную деятельность, активно вовлекая сотрудников, профессорско-преподавательский состав, докторантов, аспирантов и студентов в разработку перспективных направлений исследований в области естественных и гуманитарных наук.

• палеогеография четвертичного периода (руководитель - д.геогр.н., проф. М.М. Пахомов);
• функциональная алгебра и теория полуколец (руководитель - д.физ.-мат.н., проф. Е.М. Вечтомов);
• физиологическая школа (руководитель - д. мед. н., проф. В. И. Циркин);
• развитие личности посредством познавательной активности при обучении (руководитель - чл.-корр. РАО, д.пед.н., проф. В.С. Данюшенков);
• методологические вопросы в школьном курсе физики (руководитель - д.пед.н., проф. Ю.А. Сауров, совместно с ИПКиПРО);
• биоморфология растений (руководитель - д. биол. н., доц. Н.П. Савиных);
• деятельностный подход к педагогическому процессу (руководитель - д.пед.н., проф. Н.В. Котряхов);
• воспитание детей средствами народной педагогики (руководитель - д.пед.н., проф. Н.С. Александрова);
• социально-экономическая и политическая история России первой трети XX в. (руководитель - д.ист.н., проф. В.И. Бакулин);
• самоопределение личности в условиях образовательного процесса (руководитель - д.пед.н., проф. Т.В. Машарова);
• языки культуры - диалог в интеллектуальном пространстве России (руководитель - д. филол. н., проф. Н.О. Осипова);
• функциональная и интерпретационная лингвистика (руководитель - д.филол.н., проф. С.В. Чернова);
• США в системе международных отношений (руководитель - д.ист.н., проф. В.Т. Юнгблюд);
• методология информатики (руководитель - д.пед.н., доц. С.М. Окулов);
• обучение школьников русскому языку средствами субъективизации (руководитель - д.пед.н., проф. Г.А. Бакулина);
• генезиса и географии почв (руководитель - д.с.-х.н., проф. А.М. Прокашев);
• эколого-биологического мониторинга и сохранения биотического потенциала экосистем (руководитель - д.техн.н., проф. Т.Я. Ашихмина).